Initié en 2016 au sein de l’ex-région Poitou-Charentes, avec pour axe principal d’étude le Grand rhinolophe, ce programme s’est étendu en 2019 aux autres espèces jugées prioritaires par le Plan Régional d’Actions en faveur des Chiroptères en Nouvelle-Aquitaine (PRAC NA), porté par France Nature Environnement Nouvelle-Aquitaine (FNE NA), et coordonné par Nature-Environnement 17 (NE17).
Ce programme ambitieux et inédit en Europe par son ampleur, concerne désormais le Grand rhinolophe, le Rhinolophe euryale, les grands et petits murins, le Murin à oreilles échancrées, et le Minioptère de Schreibers.
Les domaines d’étude sont vastes et tendent à contribuer à une meilleure connaissance des populations pour leur conservation. Ils concernent ainsi l’étude de la répartition et du fonctionnement des populations par le dénombrement hivernal et estival des individus, mais aussi le suivi individuel par capture-marquage-recapture à l’aide de transpondeur (puce RFID) implanté sous la peau.
Parallèlement à ces suivis, d’importants travaux de recherche sont réalisés en collaboration avec différents partenaires académiques et visent : 1/ l’étude de l’état sanitaire des populations (description et circulation des pathogènes viraux, impacts sur les populations de chauves-souris et potentielles implications pour la santé humaine), et 2/ l’étude des déplacements en lien avec le paysage et les pratiques agricoles (modélisation des connectivités paysagères, régime alimentaire, génétique des populations). Ces axes de travail s’appuient sur une collaboration forte depuis 2016 avec le Laboratoire de Biométrie et de Biologie Evolutive (LBBE – Université de Lyon 1), le Centre d’Etude Biologique de Chizé (CEBC – CNRS / Université de La Rochelle), et plus récemment avec l’Institut Pasteur et l’ANSES – Nancy.
Chaque année, et pour répondre aux différents objectifs du programme, différents suivis sont réalisés, avec l’aide de près de 150 personnes par an (plus de 800 depuis le début du programme). Ces suivis portent sur le dénombrement hivernal et estival des individus, l’organisation d’opérations de capture afin de réaliser des prélèvements biologiques et de procéder au marquage individuel.
L’hiver se sont ainsi plus de 600 cavités souterraines qui sont prospectées en Nouvelle-Aquitaine et au-delà pour dénombrer et contrôler les individus équipés d’une puce à l’aide de lecteurs manuels.
L’été, ce sont plus d’une centaine de colonies de mise bas qui sont suivies, toujours pour dénombrer les individus et évaluer le succès annuel de reproduction.
Les opérations de capture, quant à elles, se réalisent au sein d’une trentaine de sites chaque année (89 sites au total depuis 2016 représentant 284 opérations de capture et plus de 30 000 chauves-souris capturées). A ce jour, elles ont permis le marquage individuel de plus de 10 000 grands rhinolophes, 2 700 murins à oreilles échancrées, 3 000 Minioptères de Schreibers et 800 rhinolophes euryales. Le marquage individuel nous permet aujourd’hui de récolter de précieuses informations sur le fonctionnement à grande échelle des populations comme le montre les premières données collectées sur le Minioptère depuis 2020 par exemple.
Des travaux portant sur les connectivités paysagères seront bientôt publiés dans le cadre d’une thèse en écologie qui sera soutenue par Mary Varoux en septembre 2024 et les premiers résultats sur les paramètres démographiques de la population de Grand rhinolophe (survie, dispersion notamment) seront également prochainement publiés (Ronget et al., à paraître).
Des travaux d’analyse sont en cours pour décrire la population de Murin à oreilles échancrées et son fonctionnement. Ils seront comparés aux travaux déjà réalisés dans le cadre d’une précédente thèse sur la population de Grand rhinolophe (Tournayre et al., 2019).
Depuis 2024, notre programme collabore également avec un programme européen dénommé OneBAT « One Health approach to undersand, predict and prevent viral emergencies from bats », qui concerne principalement l’étude des pathogènes viraux chez le Minioptère de Schreibers et leurs mécanismes de circulation. Cette collaboration nous permet désormais d’étendre nos investigations sur le Minioptère au sein de l’ex-région Rhône-Alpes et pouvoir ainsi travailler à terme sur toute l’aire de répartition de cette espèce très menacée en France (Nouvelle-Aquitaine, Occitanie, Provence-Alpes-Côte d’Azur, Auvergne-Rhône-Alpes), mais aussi en Espagne (Catalogne et Pays Basque).
Afin de mener à bien toutes ces actions, ce programme s’entoure de très nombreux partenaires associatifs, institutionnels et académiques, en Nouvelle-Aquitaine et au-delà :
Deux-Sèvres Nature-Environnement, Nature-Environnement 17, LPO France, LPO DT Aquitaine, Charente Nature, Vienne Nature, Groupe Mammalogique et Herpétologique du Limousin, Groupe Chiroptères Aquitaine, Cistude Nature, Conservatoire des Espaces Naturels de Nouvelle-Aquitaine, Société d’Etude et de Protection de la Nature en Lot-et-Garonne, Groupe Chiroptères des Pays-de-la-Loire, Groupe Chiroptères de Midi-Pyrénées, CPIE Vallée de la Sarthe et du Loir, LPO Vendée, LPO Anjou, LPO Centre Val de Loire, LPO Auvergne-Rhône-Alpes, Parc National des Pyrénées, Parc Naturel Régional du Marais Poitevin, Comité départemental de spéléologie du Lot, Association des Naturalistes d’Ariège, Université de Barcelone, Université du Pays Basque, Museum National d’Histoire Naturelle.
Si vous souhaitez participer, les opérations de capture se poursuivent en 2024 de juillet à fin septembre. Elles sont ouvertes à toute personne en priorisant les personnes en formation pour la capture des chauves-souris et dans une limite de 15 personnes tous les soirs. Pour plus d’information, vous pouvez contacter Maxime LEUCHTMANN (maxime.leuchtmann@ne17.fr).
Nous remercions très sincèrement les partenaires financiers qui soutiennent ce programme depuis 2016, à savoir la Région, Fonds vert et la DREAL Nouvelle-Aquitaine.
Pour plus d’informations, n’hésitez pas à nous contacter. Différentes publications scientifiques sont également disponibles mais aussi divers articles de vulgarisation :
Galan M., Pons J-B., Tournayre O., Pierre E., Leuchtmann M., Pontier D., Charbonnel N. 2017. – Metabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey : Application to bat species diet analysis. Molecular Ecology Resources : 1 -16.
Pinaud D., Claireau F., Leuchtmann M. & Kerbiriou C. 2018. – Modelling landscape connectivity for greater horseshoe bat using an empirical quantification of resistance. Journal of Applied Ecology : 1 -12.
Ronget V., Leuchtmann M., Duhayer J., Varoux M., Pontier D., à paraître. – Sex-differences of survival and dispersal in a meta-population of Rhinolophus ferrumequinum.
Tournayre O. 2019. – Structure et fonctionnement des colonies de Grand rhinolophe en Poitou-Charentes. Thèse, Université de Montpellier, France, 405 p.
Tournayre O., Leuchtmann M., Filippi-Codaccioni O., Trillat M., Piry S., Pontier D., Charbonnel N., Galan M. 2020. – In Silico and empirical evaluation of twelve metabarcoding primer sets for insectivorous diet analyses. Ecology and Evolution : 1-23.
Tournayre O., Leuchtmann M., Galan M., Trillat M., Piry S., Pinaud D., Filippi-Codaccioni O., Pontier D., Charbonnel N. 2020. – eDNA metabarcoding reveals a core and secondary diets of the greater horseshoe bat with strong spatio-temporal plasticity. Environnemental DNA : 1-20.
Tournayre O., PONS J-B., Leuchtmann M., Leblois R., Piry S., Filippi-Codaccioni O., Loiseau A., Duhayer J., Garin I., Mathews F., Puechmaille S., Charbonnel N., Pontier D. 2019. – Integrating population genetics to define conservation units from the core to the edge of Rhinolophus ferrumequinum western range. Ecology and Evolution 9 : 12272-12290.
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